Публикувахме PhaseContrastNeuriteAnalyzer заедно с 5.8-GB отворен микроскопски набор от данни, подкрепящ разработването и валидирането на работния процес.
Работният процес е създаден, за да направи количествения анализ на невритно-свързана морфология по-достъпен в експерименти, при които клетките се проследяват чрез стандартна фазово-контрастна микроскопия. Той интегрира Fiji/ImageJ предварителна обработка, ilastik пикселна класификация и R-базиран анализ в насочен и възпроизводим работен процес.
Придружаващият Zenodo набор от данни съдържа сурови фазово-контрастни изображения, експериментални метаданни, обучителни материали и моделни файлове за ilastik, примерни сегментационни резултати и представителни downstream анализи от експерименти с SH-SY5Y клетки, третирани с розмаринова и ретиноева киселина.
Публикуването на изображенията, анализа и метаданните заедно позволява на изследователите не само да прочетат научните заключения, но и да проследят как са получени и да използват ресурсите повторно за методологично развитие или независими анализи.
Свързани материали