MU OmicsLab
(Лаборатория по изчислителна токсикология и биоинформатика) е развиващо се научно направление, ръководено от доц. д-р Йордан Йорданов (Секция „Токсикология“, Катедра „Фармакология, фармакотерапия и токсикология“, Фармацевтичен факултет, Медицински университет – София).
Лабораторията свързва експерименталната токсикология с биоинформатика, анализ, подпомаган от изкуствен интелект, и възпроизводими работни процеси — от клетъчни модели до интерпретация на омикс данни и изчислителна токсикология.
- MU OmicsLab към момента е малка научна единица (PI-led) и активно изгражда капацитет чрез съвместно ръководство на дипломни и докторски работи, колаборации и споделена инфраструктура.
- Интересувате се от сътрудничество или да се присъедините към нашия екип? → contact us · свържете се с нас
Дейност
- Изчислителна токсикология: механистично ориентирана интерпретация на токсикологични ефекти чрез мулти-омикс и структурирани данни.
- Биоинформатика: RNA-seq и транскриптомика; анализ на биологични пътища и пертурбационни профили; интегративна интерпретация.
- RNA терапевтици и доставяне (компютърна подкрепа): логика на дизайна на RNA конструкции и стратегии за оценка, съобразени с клетъчни пътища.
- Анализ на изображения: работни алгоритми за количествени анализи на микрографии и ML-подпомогната сегментация/фенотипизиране.
- ИИ за биомедицинска подкрепа при вземане на решения: безопасни, прозрачни прототипи за обобщаване и контекстуална интерпретация (за научни цели).
Разгледайте
Ключови думи: изчислителна токсикология · биоинформатика · транскриптомика · анализ на изображения · възпроизводими изследвания · ИИ/ML
DEBUG: &source.File{fim:(*hugofs.dirEntryMeta)(0xc0011b0d40), uniqueID:"", lazyInit:sync.Once{_:sync.noCopy{}, done:atomic.Bool{_:atomic.noCopy{}, v:0x0}, m:sync.Mutex{_:sync.noCopy{}, mu:sync.Mutex{state:0, sema:0x0}}}}
Related Topics
- За нас
За MU OmicsLab
(Лаборатория по изчислителна токсикология и биоинформатика) е научно направление във Фармацевтичния факултет, Медицински университет – София, комбиниращо експерименталната токсикология с биоинформатика и изчислителен анализ.
Лабораторията се ръководи от доц. д-р Йордан Йорданов — специалист с дългогодишен интерес към информирана от данни механистична интерпретация на резултати, с практически опит в ин витро токсикология (клетъчни модели) и ин виво експерименти (плъхове, мишки, Drosophila).
Как сме позиционирани
MU OmicsLab е тясно свързана със Секция „Токсикология“ към Катедра „Фармакология, фармакотерапия и токсикология“. Значителна част от експерименталната работа се подпомага от екипната експертиза в ин витро и ин виво токсикология, докато MU OmicsLab допринася с биоинформатика, автоматизация и изчислителна интерпретация.
- Научни направления
MU OmicsLab е насочена към изчислителна токсикология и биоинформатика, с акцент върху методи, които могат да се прилагат в различни проекти и да се споделят с партньори.
1) Биоинформатика за целите на токсикологията
- Работни процеси за RNA-seq / транскриптомика (QC → DE → enrichment → signatures → causality)
- Контекстно-информирана интерпретация: биологични пътища, механизми, лекарство–ген взаимодействия
- Интегративен анализ между експериментални данни и публични ресурси
2) Изчислителна токсикология и механистично моделиране
- Интерпретация на токсикологични фенотипи, базирана на априори хипотези
- Интерпретация на омикс данни в контекста на фармакодинамични таргети и механистична интерпретация
- Интерпретация, докладване, анализ на риска (ограничения, неопределеност, възпроизводимост)
3) Анализ на изображения и ML-подпомогната микроскопия
- Количествени алгоритми за анализ на изображенията (сегментация, извличане на характеристики, класификация)
- Машинно обучение за устойчив и мащабируем анализ на фазово-контрастни и флуоресцентни изображения
- Възпроизводимо докладване за изследвания в експерименталната токсикология
4) RNA терапевтици и доставяне (биоинформатика/логическа подкрепа)
- Логика за дизайн на RNA конструкти, съобразена с клетъчни маркери и биологични пътища
- Изчислителни стратегии за оценка при избор на таргети и обосновка на безопасността
- Сътрудничество с експериментални екипи, работещи с наночастици и лекарство-доставящи системи
5) ИИ-подпомагани изследователски инструменти (прототипи)
- LLM-подпомогнато обобщаване и контекстуализация на сложни биомедицински данни
- Прозрачни, безопасни работни алгоритми във фармакогенмиката за научни цели
Интересувате се от сътрудничество и искате да обсъдим проектна идея? → свържете се с нас · contact us
- Публикации
Биоинформатичен фокус
- Yordanov Y, Tzankova V, Stefanova D, Georgieva M, Tzankova D. Exploratory Data Analysis of the In Vitro Effects of Novel Hydrazide-Hydrazone Antioxidants in the Context of In Silico Predictors. Antioxidants. 2025 May 8;14(5):566.
- RNA-seq изследване (постер на EuroTox): Yordanov Y, Bozhilova R, Tzankova V, Mohr T. P06-16 Application of transcriptomic analysis to an MPP+-induced in vitro 2D model system for studying Parkinson’s disease in search of potential drug modulators. Toxicology Letters. 2024 Sep;399:S158-.
Анализ на изображения
- Монография: Yordanov Y. Анализ на изображения в експерименталната токсикология (наличен пълен текст).
- Yordanov Y. Hep G2 cell culture confluence measurement in phase-contrast micrographs–a user-friendly, open-source software-based approach. Toxicology Mechanisms and Methods. 2020 Feb 12;30(2):146-52.
- Kalinova R, Yordanov Y, Tzankov B, Tzankova V, Yoncheva K, Dimitrov I. Cinnamyl modified polymer micelles as efficient carriers of caffeic acid phenethyl ester. Reactive and Functional Polymers. 2020 Dec 1;157:104763.
- Georgiev GP, Tubbs RS, Olewnik Ł, Zielinska N, Telang M, Ananiev J, Dimitrova IN, Slavchev SA, Yordanov Y, LaPrade RF, Ruzik K. 2022. A comparative study of the epiligament of the medial collateral and anterior cruciate ligaments in the human knee: Immunohistochemical analysis of CD 34, α-smooth muscle actin and vascular endothelial growth factor in relation to epiligament theory. The Knee. 39:78–90.
- Georgiev GP, Kotov G, Iliev A, Slavchev S, Ovtscharoff W, Landzhov B. A comparative study of the epiligament of the medial collateral and the anterior cruciate ligament in the human knee. Immunohistochemical analysis of collagen type I and V and procollagen type III. Annals of Anatomy (Anatomischer Anzeiger). 2019 Jul 1;224:88–96.
- Stefanova D, Yordanov Y, Bogdanova R, Voycheva C, Tzankov B, Popova T, Kondeva-Burdina M, Tzankova V, Toncheva-Moncheva N, Tzankova D, Slavkova M. In Vitro Evaluation of the Safety and Antineoplastic Effects in Gastrointestinal Tumors of Nanostructured Lipid Carriers Loaded with Berberine. Pharmaceutics. 2025 Mar 4;17(3):331.
Болест на Паркинсон
- Yordanov Y, Stefanova D, Kondeva-Burdina M, Tzankova V. Sources of Oxidative Stress in Parkinson’s Disease: Pathways and Therapeutic Implications. Antioxidants. 2026 Feb 2;15(2):187.
RNA конструкти
- Slavkova M, Yordanov Y, Voycheva C, Popova T, Spassova I, Kovacheva D, Tzankova V, Tzankov B. Synthesis of Folic Acid-Functionalized Hybrid Mesoporous Silica Nanoparticles and In Vitro Evaluation on MCF-7 Breast Cancer Cells. International Journal of Molecular Sciences. 2026 Jan 22;27(2):1092.
Токсикология на ултрафини частици
- Vasileva K, Yordanov Y, Manasiev Y, Stefanova D, Kondeva-Burdina M, Tzankova V, Panev T, Naydenova I, Georgieva T. Aerosols produced during biomass conversion and their organic extracts–cytotoxic and oxidative response of a lung cell model system. Pharmacia. 2025 Aug 13;72:1–7.
Ако желаете да предложите за съавторство, съвместен анализ или „pipeline“ → свържете се с нас · contact us
- Екип
MU OmicsLab е научна единица в рамките на Секция „Токсикология“ към Фармацевтичния факултет, МУ–София, ръководена от проф. Вирджиния Цанкова.
Единицата комбинира изчислителен анализ със силна експертиза в експерименталната токсикология (ин витро и ин виво), което позволява интегрирани проекти, съвместно менторство и реалистични планове за валидация.Ръководител (MU OmicsLab)
доц. Йордан Йорданов
Секция „Токсикология“
Катедра „Фармакология, фармакотерапия и токсикология“
Фармацевтичен факултет, Научноизследователски институт по иновативна медицинска наука (InnoMedSci), направление „Изкуствен интелект в здравеопазването“, Медицински университет – София - Колаборации
MU OmicsLab се развива чрез сътрудничество — свързвайки експерименталната токсикология с биоинформатична експертиза и изчислителен анализ.
В рамките на МУ–София
- Тясна интеграция със Секция „Токсикология“ и с всички Секции и Катедри във Фармацевтичен факултет, МУ – София (ин витро / ин виво експертиза и обучителна среда)
България (външни партньори)
- Токсикологично сътрудничество с проф. Цвета Георгиева и ст. експерт Красимира Василева в Национален център по обществено здраве и анализи (София)
(примерна публикация) - Връзки в областта на изчислителната токсикология с акад. Илза Паджева, проф. Иванка Цаковска и експерт Петко Алов в Българска академия на науките
(примерна публикация)
Международни партньорства
- Дългогодишни колаборации, свързани с научни обмени и съвместни ин витро изследвания в Университета в Сиена, Италия, с:
- проф. Масимо Валоти
- проф. Симона Сапонара
- проф. Мария Фрозини
- Сътрудничество с Медицински университет – Грац, Австрия
- Колаборации с изчислителни токсиколози в рамките на OpenTox и Edelweiss Connect:
- д-р Бари Харди (Dr. Barry Hardy)
- експерт Асмаа Али (Asmaa Ali)
- Сътрудничество с биоинформатици от ScienceConsult – DI Thomas Mohr, Университета във Виена и Медицинския университет във Виена:
- д-р Томас Мор (Dr. Thomas Mohr)
Ако имате набор от данни или хипотеза, която изисква биоинформатична консултация → contact us · свържете се с нас
- Новини
В този раздел публикуваме:
- нови колаборации и посещения
- обяви за дипломни и докторантски теми / студентски участия
- ключови етапи по проекти и нови публикации
- възможности за обучение по биоинформатика и възпроизводим анализ
Ако желаете да представим Вашето участие като партньор или студент-автор → contact us · свържете се с нас
- Контакти
- Имейл: yyordanov@pharmfac.mu-sofia.bg
- Афилиация: Фармацевтичен факултет, Медицински университет – София
- Област: Изчислителна токсикология и биоинформатика (MU OmicsLab)
Какво да включите в съобщението си
- Кой сте и към коя институция/организация принадлежите
- Каква е целта Ви (публикация / дипломна работа / проект / анализ)
- Какви данни имате (тип, обем, формат)
- Очакван срок/времева рамка (ако е приложимо)
EN страница: contact us
- Ресурси
Изчислителна инфраструктура
Нашата лаборатория поддържа изчислителни ресурси с висок капацитет за биоинформатични изследвания и анализ на данни.
Налични ресурси
- Специализирани изчислителни сървъри
- Биоинформатичен софтуер и инструменти
- Системи за съхранение и управление на данни
- Обучение и документация
Достъп
Ресурсите са достъпни за членове на лабораторията и оторизирани партньори. Моля, свържете се с нас за информация относно достъп.